内有方形石柱和木柱二十对，配以鼓形基座，柱正面有名人书刻楹联十数副。总体布局充分体现了明代建筑风格，左右对称，厢廊和谐，正门有雕花彩绘牌楼高耸正中，两侧为钟鼓楼。第二殿四周有玉雕栏杆围绕，正中顶棚雕刻二百余龙头围成环状，称为“龙窝”，配以草卉鳌鱼镏金重彩，是数百年几经劫难保存下来的工艺精品，令人叹为观止。寺内有菩萨多尊，端庄肃穆、威严慈祥，每逢佛事，钟鼓齐鸣，木鱼法铃声声入耳，和尚诵经如歌如诉，使人有脱尘忘俗之感，历来都是善男信女踊跃朝拜之圣地。万佛寺还有个不解之迷, 当历史车轮进入到21世纪，在大雄宝殿的一侧，显现出一段小白龙的龙身,开始发现的时候只有手指那么粗,现在越长越大已经有碗口粗了,且有的人看得见，有的人看不见，庙里的人说这是白龙现身,菩萨显灵。这是一种什么现象，还有待考究。但万佛寺倒有一段真实的故事让人们念念不忘：抗日战争时期，有一年日本人的飞机轰炸万载，唯独丢在万佛寺里的一颗没有爆炸，人们都说这是城隍老爷显灵，保佑了一方百姓，万佛寺的香火也由此越来越旺。